Jünger se je leta 1913 pridružil francoski tujski legiji, vendar ga je oče dal vrniti v Nemčijo. Leta 1914 se je ob izbruhu prve svetovne vojne prostovoljno prijavil v nemško vojsko in ves čas spopada služil kot častnik na zahodni fronti. Jünger je kot vojak izstopal s svojim pogumom: bil je najmanj sedemkrat ranjen, leta 1918 pa je prejel medaljo Pour le Mérite, najvišje nemško vojaško odlikovanje. Po vojni je objavil In Stahlgewittern (Nevihta jekla, 1920), roman v obliki dnevnika; v njem so živi spomini na njegovo življenje v strelskih jarkih in doživetja v boju kot poveljnik čete. Z nepristranskim, stvarnim glasom Jünger opisuje junaštvo in trpljenje, ki so ga pokazali on in njegovi sovojaki v brutalnih bojih na zahodni fronti. Nevihta jekla je bila uspešna pri kritikih in javnosti v Nemčiji in drugih državah. Dve leti kasneje je objavil Der Kampf als inneres Erlebnis (Boj kot notranja izkušnja).

Po odpustu iz vojske leta 1923 je Jünger študiral zoologijo in botaniko na univerzah v Leipzigu in Neaplju. Nadaljnje spomine in razmišljanja o svojih vojnih izkušnjah je objavil v Das Wäldchen (Gaj, 1925) in Feuer und Blut (Ogenj in kri, 1925). Kljub svojemu militarizmu, naklonjenosti avtoritarni vladi in svojim radikalnim nacionalističnim idealom se je Jünger v poznih dvajsetih letih 20. stoletja uprl ponudbam Adolfa Hitlerja za prijateljstvo in se ni hotel pridružiti nacističnemu gibanju, tudi potem ko je to leta 1933 prišlo na oblast v Nemčiji. Dejansko je med Hitlerjevim kanclerstvom napisal drzno alegorijo o barbarskem opustošenju mirne dežele v roman Auf den Marmorklippen (Na marmornih pečinah,1939), ki je presenetljivo prestal cenzuro in izšel v Nemčiji. Jünger je med drugo svetovno vojno služil kot vojaški štabni častnik v Parizu, vendar se je do leta 1943 odločno obrnil proti nacističnemu totalitarizmu in njegovemu cilju osvajanja sveta, kar se je pokazalo v Der Friede (Mir, 1948). Jüngerja so leta 1944 odpustili iz vojske, potem ko je bil posredno vpleten v kolege častnike, ki so načrtovali umor Hitlerja. Nekaj ​​mesecev kasneje je njegov sin umrl v boju v Italiji, potem ko je bil zaradi političnih razlogov obsojen na kazenski bataljon.

Jüngerjevi povojni romani vključujejo Heliopolis (1949) in Gläserne Bienen (Steklene čebele, 1957), vznemirljivo zgodbo o brezposelnem nekdanjem vojaku v pretirano mehaniziranem svetu, ki ga simbolizirajo umetne čebele in marionete. Po letu 1950 je Jünger živel v samoizolaciji v Zahodni Nemčiji, medtem ko je še naprej objavljal zamišljene, introspektivne romane in eseje o različnih temah. V kasnejših knjigah, kot je Aladins Problem (1983), je ponavadi obsodil militaristična stališča, ki so vodila do katastrofalne udeležbe Nemčije v svetovnih vojnah. Jüngerjeva Sämtliche Werke (Celotna dela) so bila objavljena v 18 zvezkih od leta 1978 do 1983.