Z razpravami o konservatorskih posegih je soustvaril temelje konservatorske stroke na Slovenskem. Med prvimi konservatorji na Slovenskem je posvečal pozornost tudi historičnim urbanim celotam.

Kot strokovnjak za srednjeveško arhitekturo, zlasti gradove, je objavil obsežno in natančno topografijo grajskih stavb na Slovenskem in se tako uveljavil kot vodilni slovenski kastelolog. Najbolj je poznan kot avtor knjige Gradovi na Slovenskem, sicer pa njegova bibliografija obsega več kot 50 monografskih publikacij, med njimi več kulturnozgodovinskih vodnikov (v zbirki Kulturni in naravni spomeniki Slovenije), kakor tudi prevoda del Simplicius Simplicissimus H. J. C. Grimmelshausna in Povsod stoji kak Babilon: Obrazi davnih in današnjih mest Wolfa Schneiderja. Pripravil je tudi več televizijskih oddaj in dokumentarno-igrani TV-seriji Gradovi na Slovenskem ter Sprehodi po stari Ljubljani. 2021 je bila odprta Študijska soba dr. Ivana Stoparja na raziskovalni postaji ZRC SAZU v Mariboru, kamor je bila preseljena zbirka, ki jo je po njegovi smrti prevzel Umetnostnozgodovinski inštitut Franceta Steleta, ki deluje v okviru ZRC.

Poleg drugih nagrad in priznanj je prejel najvišjo konservatorsko Steletovo nagrado (1992) in nagrado Izidorja Cankarja za življenjsko delo na področju kastelologije.