Ponovno je začel predavati leta 1992, po zmagi Demosa, ko je na Filozofski fakulteti kot redni profesor na novo ustanovil predmeta Fenomenologija in Filozofija religije. Za rednega člana Slovenske akademije znanosti in umetnosti je bil izvoljen 2001. Objavil je več kot 30 knjig, od tega sedem z religioznega področja. Bil je urednik časopisa Tribuna in revij Nova revija in Phainomena.
Leta 2003 ga je uredništvo Dela razglasilo za osebnost leta, 2008 ga je predsednik Republike Slovenije skupaj s soprogo Spomenko Hribar odlikoval z zlatim redom za zasluge, leta 2009 pa mu je Univerza v Ljubljani podelila naslov zaslužnega profesorja.
Izbrana dela:
- Človek in vera (v soavtorstvu s Spomenko Hribar, 1968/69)
- Molk besede – Beseda molka (1970)
- Resnica o resnici (1981)
- Drama hrepenenja (1983)
- Metoda Marxovega Kapitala (1983)
- Sodobna slovenska poezija (1984)
- Kopernikanski obrat (Slovenska matica, 1984)
- Moč znanosti (1985)
- Slovenska državnost (1989)
- O svetem na Slovenskem (1990)
- Sveta igra sveta (1990)
- Tragična etika svetosti (Slovenska matica, 1991)
- Uvod v etiko (1991)
- Teorija znanosti in organizacija raziskovanja (1991)
- Ontološka diferenca (1992)
- Fenomenologija I (Brentano, Heidegger, Husserl) (Slovenska matica, 1993)
- Pustiti biti (1994)
- Slovenci kot nacija: soočanja s sodobniki (1995)
- Fenomenologija II (Heidegger, Levinas, Lacan, Derrida) (Slovenska matica, 1995)
- Filozofija religije (2000, ponatis 2008)
- Evangelij po Nietzscheju (2002)
- Dar biti (Slovenska matica, 2003)
- Obvladovanje sveta in svetovni etos (2003)
- Evroslovenstvo (Sovenska matica, 2004)
- Globalizacija: svetovni mir in svetovni etos (2006)
- Fenomenološki etos (2009)
- Preživetje naroda: avtonomnost duha in suverenost države (2000, 2010)
- Ena je groza (2010)
- Nesmrtnost in neumrljivost I: Od šamanov do kristjanov (Slovenska matica, 2016)
- Nesmrtnost in neumrljivost II: Krščanska posmrtna nesmrtnost (Slovenska matica, 2017)
- Nesmrtnost in neumrljivost III: Sodobna teologija, filozofija in znanost (Slovenska matica, 2019)
- Rusko vprašanje: Rusija, Slovenija, Evropa: 1821-2021 (2021)
- Slovenski razkoli in slovenska sprava: Usodni trk ‘valjhunstva’ in boljševizma (v soavtorstvu s Spomenko Hribar, 2021)
- Sem, torej bivam: predbivajočni in predjazni sem (Slovenska matica, 2022) …
