Kot gostujoči profesor predava religijsko znanost in azijske religije na UL TEOF in UL FDV. Je sourednik več znanstvenih monografij, med njimi Borders and Debordering: Topologies, Praxes, Hospitableness (Lexington Books, 2018), Atmospheres of Breathing (SUNY Press, 2018), The Poesis of Peace: Narratives, Cultures and Philosophies (Routledge, 2017) ter Breathing with Luce Irigaray (Bloomsbury, 2013). Je avtor več monografij, med drugim Ethik des Atems (Karl Alber Verlag, 2017), Breath of Proximity: Intersubjectivity, Ethics, and Peace (Springer, 2015), Pragmatist Variations on Ethical and Intercultural Life (Lexington Books, 2012) ter Etika diha in atmosfera politike (Slovenska matica, 2012). Iz stare indijščine je prevedel Yajurvedske upanišade (Besede vedske Indije, Nova revija, 2005). Ukvarja se s sodobno filozofijo, filozofsko teologijo, feministično filozofijo ter etiko.
Škof je predsednik Društva za primerjalno religiologijo. Je član Evropske akademije znanosti in umetnosti (EASA, Salzburg). Od leta 2016 je tudi član Etične komisije Onkološkega inštituta Ljubljana. Za svoje raziskovalno delo je leta 2005 prejel Svečano listino Univerze na Primorskem in leta 2013 nagrado Glasnik znanosti, ki jo podeljuje ZRS Koper. Leta 2019 je s strani ARRS prejel Nagrado za odličnost v znanosti na področju teologije. Leta 2022 je prejel Zoisovo priznanje za vrhunske znanstvene monografije na področju sodobne filozofije in etike.
Monografske publikacije:
- Bog v postkrščanstvu (Ljubljana: Slovenska matica, 2025)
- Antigone’s Sisters: On the Matrix of Love (New York: SUNY Press, 2021)
- Antigonine sestre: o matrici ljubezni (Ljubljana: Slovenska matica, 2018)
- Ethik des Atems (Freiburg: Herder/ Karl Alber Verlag, 2017)
- Breath of Proximity: Intersubjectivity, Ethics, and Peace (Dordrecht: Springer, 2015)
- Pragmatist Variations on Ethical and Intercultural Life (Lanham: Lexington Books, 2012)
- Etika diha in atmosfera politike (Ljubljana: Slovenska matica, 2012)
- Razprave o pragmatizmu in medkulturni filozofiji (Koper: Annales, 2008)
- Upanišade: besede vedske Indije (Ljubljana: Nova revija, 2005)
- Sočutje med religijo in filozofijo: pot k Schopenhauerjevi etiki sočutja (Ljubljana: Družina, 2002)
