Izkušnje iz taborišč so zapustile sledove v njegovi prozi, najbolj v romanu Nekropola (1967), ki je doživel več ponatisov in prevodov v mnoge evropske jezike. Ker je v taborišču zbolel za jetiko, je Pahor dobro leto dni prebil na zdravljenju v švicarskem sanatoriju, v Trst pa se je vrnil 1946., v naslednjem letu je v Padovi doktoriral z disertacijo o Kocbekovem pesništvu. S pesnikom sta v tem času navezala tesno prijateljstvo, ki je trajalo vse do Kocbekove smrti.
Kot demokrat in svobodomislec se je leta 1951 v Primorskem dnevniku postavil Kocbeku v bran ob partijski gonji zoper njegovo knjigo Strah in pogum, kar je pomenilo konec Pahorjevega sodelovanja s tem časopisom in s tržaško komunistično levico. Med 1953 in 1975 je poučeval kot profesor italijanske književnosti na slovenski srednji šoli v Trstu. Bil je aktiven član in častni podpredsednik Mednarodnega združenja za zaščito ogroženih jezikov in kultur AIDLCM. Leta 1966 je ustanovil revijo Zaliv, ki je bila prostor za polemične objave slovenskih oporečnikov. Boris Pahor je kot razumnik evropskega duha in izjemne občutljivosti za položaj slovenske manjšine na Tržaškem ves čas kritično presojal tudi kulturne in politične razmere na Slovenskem. Pri tem je odpiral tudi tabu teme. Skupaj z Alojzom Rebulo sta tako 1975. izdala brošuro Edvard Kocbek, pričevalec našega časa z intervjujem, v katerem je Kocbek obsodil zunajsodne poboje domobrancev na Rogu. To je v Sloveniji in Jugoslaviji izzvalo politično gonjo zoper Kocbeka, Pahorju pa je bil za več let prepovedan vstop v državo. Mejo je spet prestopil šele 1981., ko se je udeležil Kocbekovega pogreba, osem let pozneje pa je izdal spomine na Kocbeka v knjigi Ta ocean strašno odprt, ki je izšla pri Slovenski matici.
Pahorjevo delo močno odmeva, prejelo je pomembna domača in tuja priznanja. Boris Pahor je bil šest let dopisni član SAZU, od leta 2009 pa je njen redni član.

Izbrana dela

Romani:
Mesto v zalivu (1955)
Vila ob jezeru (1955)
Nomadi brez oaze (1956)
Onkraj pekla so ljudje (1958)
Parnik trobi nji (1964)
Nekropola (1967)
Zatemnitev (1975)
Spopad s pomladjo (1978, 1998)
V labirintu (1984)
V vodoravni legi (1997)
Zibelka sveta (1999)
Zgodba o reki, kripti in dvorljivem golobu (2003)
Trg Oberdan (2006)
Knjiga o Radi (2012)

Esejistika:

• Svobodna polemika (1952)
• Odisej ob jamboru (1969)
• Tržaški mozaik (1983)
• Ladja brez krmarja: narodna identiteta v italijanski književnosti od Danteja do Slataperja (1996)
• Pogled iz jamborovega koša (1998)
• Tržaški odzivi (2001)
• Letteratura slovena del Litorale: vademecum / Kosovel a Trieste e altri scritti« (2004)
• Trst in slovenski čas (2006) ….